hpc_slurm_pbs

[liupei@cg 2zk]$ cat sub.slurm 
#!/bin/bash
#SBATCH -J gf1cnn				#作业名是 gf1cnn
#SBATCH -p v3_ib				#提交到 v3_ib 分区
#SBATCH -N 1					#使用一个节点
#SBATCH -n 1					#cpu数
#SBATCH --cpus-per-task 24		#每个进程占用24个cpu核心
#SBATCH --gres=gpu:1			#申请1块gpu
#SBATCH -o gf1cnn.out 		#将屏幕输出结果保存到当前文件夹的 gf1cnn.out 

source activate cnn			#切换python环境
./run_bass.sh 13			#执行我的 ./run_bass.sh 程序 

# 载入远程复制 module
module load papp_cloud/2.6.18/2.6.18-cjj
# 载入预装的 python module
module load anaconda/3-Python3.6.5-fgl
# 查看可用 module
module avail 或 module avail anaconda 
# 查看分区 
sinfo 

#!/bin/bash
#SBATCH -p v3_ib
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 24
	
#srun matlab <testCascade.m
matlab -nodisplay < matlab_parfor.m

qsub a.pbs    # 提交作业a
qstat -an     # 列出队列中所有作业及其分配的节点
qstat -q      # 查看所有队列
qstat -Q	  # 列出队列的一些限制信息
qstat -Qf bdog # 列粗指定队列的所有信息
pestat        # 查看当前所有节点的占用状态
	        # excl 所有cpu已被占用
		# busy cpu已接近满负荷运行
		# free 部分或全部cpu空闲
		# offl 管理员手动指定离线状态

qstat         # 可以查看当前所有任务的运行状态
ch_cumtlp3@mgr:~> qstat 
Job ID        Name       User     Time Use  S  Queue
----------  --------  --------- -------------------
375817.mgr  600470   ch_cumtlp3  155:47:3  R    l     

-N name:作业名，限15 个字符，首字符为字母，无空格
-o path:重定向标准输出到path
-l resource_list:定义资源列表。
   nodes=N:ppn=M：请求N个结点，每个结点M个处理器。 
   mem  =N[K|M|G][B|W]：请求N大小的内存。
   cput =N:请求N秒CPU时间;N也可以是hh:mm:ss形式。
-m mail_options:给用户发信；a(作业abort), b(作业开始运行发信)；e(作业结束时发信)。若无此选项，默认为a。
-M user_list:定义发给哪些用户,有关此作业的mail

#!/bin/sh
#PBS -N rfrk  
#PBS -j oe   # out put file
#PBS -l nodes=1:ppn=32
#PBS -q l
#PBS -m be
#PBS -M cumtlp@qq.com 
cd $PBS_O_WORKDIR   

/public3/home/ch_cumtlp3/installed/app/matlab/r2019b/bin/matlab -nodesktop -nosplash -nojvm \
-r "addpath('pcode');main('roi_pixel','rfrk',{'r',{[50,10,500]}}); exit;"

/public3/apps/matlab-2016b/bin/matlab -nosplash -nodesktop -nojvm \
-r "addpath('../../code/'); pbs_mlc(1:4,0.7); exit;"

qsub test.pbs:提交作业
pbsnodes -l free:以行的行式列出空闲的节点
qstat -q:查看所有队列状态
qstat:查看作业运行状态
状态说明: E:退出; Q:排队;H:挂起; R:运行; C:结束
qstat -an:列出队列中所有作业及其分配的节点   
qstat -an 93:显示作业运行在哪些节点上
qdel 93:删除自己的作业